Jungtinės veiklos sutartis nutraukiama pačioje sutartyje ir  Civilinio kodekso 6.978 – 6.980 straipsniuose nustatyta tvarka. Reikia pateikti prašymą ir dokumentus, patvirtinančius, kad nutraukiant sutartį buvo laikytasi sutartyje nustatytų sąlygų dėl galimybės vienašališkai nutraukti sutartį ar Civilinio kodekso straipsniais nustatytos sutarties nutraukimo tvarkos.